Nachdem Göckel den Herzog von Württemberg bei einer Kur in Karlsbad kuriert hatte, „wurde er öffters von ganzen Compagnien seiner Patienten ersucht, mit in bemeldtes Bad zu gehen, und in dem Gebrauch desselben ihnen beyzustehen“, wie das „Nürnbergische Gelehrten-Lexicon“ von 1755 verzeichnet. Auch der als „Türkenlouis“ bekannte Markgraf Ludwig Wilhelm von Baden ließ seine Familie von dem renommierten Mediziner behandeln und ernannte ihn 1702 zum Leib- und Oberlandmedikus im Range eines Hofrats mit der Aufsicht über alle Ärzte, Apotheker, Barbiere, Bader und Hebammen in der Markgrafschaft mit dem stattlichen Gehalt von jährlich 2550 Florin. Zum Vergleich: Der Hofkapellmeister erhielt 293 Florin.

Diese Stellung erzeugte Neid, die sich mit religiösen Kontroversen verband: Im Gegensatz zum katholischen Markgrafen und seinen Untertanen war Göckel praktizierender Lutheraner. Deshalb hatte ihm der Markgraf gleich zu Beginn die freie Religionsausübung zugesichert. Das führte zu einem Eklat: Als der Türkenlouis vor seinem Tod (4. Januar 1707) noch einmal beichten wollte, verweigerte ihm der herbeigerufene Franziskaner die Absolution, da der Fürst in seiner Residenz „akatholische Religionen“ dulde – ein Seitenhieb auf den Leibarzt. Der Markgraf warf den Mönch hinaus und ließ den Ordensoberen kommen.

Göckel wohnte in Baden (heute Baden-Baden). Mehrfach beschwerte sich der Stadtpfarrer, dass der Arzt in seiner Wohnung für seine Familie und weitere Personen evangelische Gottesdienste halten lasse, und zwar vom Gernsbacher Stadtpfarrer Elias Tilemann Figgen. Gernsbach war zu dieser Zeit der einzige Ort im Kerngebiet der Markgrafschaft Baden-Baden, der unter einer katholischen Obrigkeit eine mehrheitlich protestantische Einwohnerschaft hatte, deren Religionsfreiheit durch den Westfälischen Friedensvertrag garantiert war. Aus diesem Grund ließ Göckel die während seiner Amtszeit in Baden verstorbenen vier Kinder „IN DIESER S: IACOBSKIRCHEN“  beisetzen, wie die gut lesbare Inschrift des Grabsteins verrät. Insgesamt hatte Göckel mit seiner Frau in 48 Ehejahren 17 Kinder, von denen fünf die Eltern überlebten.

Besonders katholische Kreise intrigierten gegen den Leibarzt. 1715 schaltete sich sogar der Kaiser ein, der fürchtete, der Leibmedikus könnte dem badischen Thronfolgers Ludwig Georg (1702-1761) „widrige Religionsprinzipien“ beibringen. Während die streng katholische Sybilla Augusta Göckel gegen alle Intrigen lange in Schutz nahm, machte sich nach 1717 ein deutlicher Umschwung in ihrer Einstellung bemerkbar, verursacht besonders durch den Einfluss der Jesuiten. Als sie für ihren Sohn August Georg (1706-1771) 1722 einen zweiten Arzt hinzuzog, der keine Koryphäe war, aber „ der Röm Cathol. Religion allein zugethan“, bat Göckel um seine Entlassung. Bevor er als Leibarzt des Herzogs von Württemberg nach Stuttgart ging, ließ er die Grabplatte fertigstellen. Die Wappen von Göckel (vierblättrige Rosette) und seiner Frau (gekreuzte Schwerter) nehmen mit den Angaben zu den Eltern den oberen Teil der Platte ein. Dann folgen Namen und Lebensdaten der Verstorbenen, wobei die abweichende Schreibweise von „Baden“ darauf hinweist, dass die letzten beiden Kinder und der abschließende Bibelvers später nachgetragen wurden. Die Markgräfin änderte übrigens ihre Meinung wieder. Als ihre Enkelin schwer krank war, bat sie den ehemaligen Leibarzt um die Behandlung des Kindes.